胞嘧啶碱基编辑器(Cytosine Base Editor, CBE)是一种先进的基因编辑工具,其主要由四个关键成分构成:dCas9蛋白、sgRNA、胞嘧啶脱氨酶(Cytidine Deaminase)及尿嘧啶DNA糖基化酶抑制剂(Uracil DNA Glycosylase Inhibitor, UGI)。在细胞内,这些成分会组装成融合蛋白,并在sgRNA的引导下与基因组DNA结合,暴露出靶序列的单链结构。
接下来,胞嘧啶脱氨酶将单链上的胞嘧啶(C)转化为尿嘧啶(U),随后通过DNA复制或修复过程将尿嘧啶转化为胸腺嘧啶(T),最终实现C-G碱基对向T-A碱基对的直接替换。这一过程所产生的中间产物脱氧尿嘧啶(dU)为相关研究带来了新机遇。
基于这一特点,研究人员开发了Detect-seq,一种用于CBE体外脱靶检测的技术。该技术首先需提取经过碱基编辑的细胞基因组DNA,再对CBE产生的dU进行生物素标记,以便于富集目标片段。同时,在dU位点下游,正常的胞嘧啶C被替换为5-醛基胞嘧啶(d5fC),而后d5fC在测序时被药物化学标记为T,这样便能在测序结果中观察到大量的C-to-T突变,进而迅速定位碱基编辑的位点。
与其他技术如GUIDE-seq、Digenome-seq和Cas-OFFinder相比,Detect-seq以其高灵敏度和强特异性脱颖而出,能够无偏好地检测包括Cas9依赖型和非依赖型的脱靶情况。此外,该技术还可有效探测sgRNA结合区域外的编辑及靶向链的脱靶事件。
在基因编辑的安全性评估方面,尊龙凯时人生就博近年来在领域内构建了一站式服务平台,涵盖靶点设计、筛选、GUIDE-seq及AID-seq脱靶检测、Detect-seq脱靶验证、PEM-seq染色体重排检测、载体插入位点检测(升级版LM-PCR及液相杂交捕获测序)、克隆扩增分析以及转录组和全基因组的脱靶检测等多种管线。这一系列服务的提供都符合SGS认证、ISO9001质量体系认证等资质标准,旨在为客户提供优质、高效、安全的基因编辑服务与产品。